章太炎之所以在政治上同情资产阶级改良派，以至在自己的论著中渗附了某些今文学说，这是因为甲午战后，外侮频仍，国势浸衰，康有为等提出救亡图强，代表当时中国社会发展的趋势，赋有进步意义。章太炎对康、梁的同情，主要是对这种政治主张的同情，从挽救民族危亡、进行变法图强来说，他们这时的政治主张基本上是一致的。
但是，章太炎和康有为等毕竟不是同隶一个学派，他赞助康、梁，也只是由于时代的特点，而不意味学术思想上的混一。他同意康、梁改革的主张，并不能证明他们政治上的完全一致；而学术对立中产生的理论差异，又每易导致他们政治上的某种分野。今文经说的“诡诞”“恣肆”，毕竟与“朴学”殊科，“论及学派，辄如冰炭”，“然古今文经说，余始终不能与彼合也”[4]。尽管如此，他们之间的争论，每每基于学术领域上的理论争论，且未公开决裂；对解决社会实际问题的变法主张，又多赞同，并且延伸到“政变”以后[5]：还是主要从政治上着眼。章太炎怀疑的是“改制”的夸诞外衣，而赞同的则是“改制”以解决社会实际问题。基于后者，他和康、梁暂未分裂；基于前者，跟随社会历史的发展，他和康、梁终告分裂。