在这种情况下，朱棣决定再次让锦衣卫活动起来。不仅恢复了锦衣卫内的诏狱，而且在锦衣卫内增设北镇抚司，原来的镇抚司改称为南镇抚司。其中北镇抚司专门负责受理钦案，旗下还掌管着令人闻之色变的诏狱。北镇抚司可以在自认为有必要的情况下逮捕任何嫌疑对象，并可在诏狱中对其进行不公开的审讯，三法司（刑部、大理寺、都察院）均无权过问，所以锦衣卫中真正有权的部门就是北镇抚司。而南镇抚司负责锦衣卫内部法纪，没多少抛头露脸的机会，因此所以无论小说还是电视剧，一般都不会提到南镇抚司。由于有朱棣的支持，重新设立的锦衣卫功能十分强大，不仅调查文武百官和普通百姓，连皇室成员也不能幸免。比如朱棣曾安排锦衣卫暗中监视他的异母弟弟宁王朱权和他的长子朱高炽。管理的事情多，人员编制自然就多了，按照标准编制，明朝一个卫应该有5600人，下辖5个由1120人组成的所。可是锦衣卫在巅峰时期下辖17个所，人数将近20000。
由于锦衣卫的权力没能得到有效制约，所以很快又出现滥用权力的情况。朱棣即位任命的锦衣卫指挥使（锦衣卫的最高长官）是纪纲，在最初纪纲的确为朱棣抛头颅洒热血，并且特别能领会朱棣的意思，对于朱棣不喜欢的大臣绝对不会让他们活着离开锦衣卫的诏狱。虽然纪纲起初所做的种种事迹对于朱棣巩固皇位的确起到了很好的帮助，但是随着时间的流逝纪纲也开始产生自己的野心，开始借着维护皇权的名义干一些危害皇权的事情。于是在这种情况下，朱棣果断对锦衣卫进行了一次清洗。永乐十四年（公元1416年）一名与纪纲有仇的太监向朱棣揭发纪纲的罪行，称其欲图谋不轨。